Apumoottori
H-veneeseen soveltuva perämoottori on noin 5 hevosvoiman perämoottori joka on kiinnitetty veneen perään joko kelkkaan tai jousitettuun nostimeen. H-veneen perä on melko ylhäällä joten nk. pitkärikinen eli jatkettu perämoottori on järkevä valinta. Muita hyviä ominaisuuksia ovat eteen-vapaa-taakse-vaihteisto ja lukkiutuva kaasukahva jota käyttäen venettä voi pidemmässä ajossa ohjata istumakaukalosta peräsimellä.
Sisämoottorilla varustettuihin purjeveneisiin nähden H-veneen perämoottorin etu on sen hyvä kääntyvyys. Moottorin ollessa veneen perässä pystyy sillä oikein manööverein kääntämään veneen paikallaan.
Polttomoottorit
Moottorin paino on tärkeä tekijä, sillä veneen perässä ollessaan moottori vipuaa perää veteen ja keulaa vastaavasti ylös vedestä siten sotkien veneen ominaiset tasapainon.
Aiemmin 2-tahtimoottorit olivat hieman kevyempiä mutta niiden myynti lopetettiin suurempien päästöjen vuoksi. Perinteisesti 2-tahtimoottorit myös kuluttavat enemmän polttoainetta ja savuttavat käydessään, joskin uusimmissa malleissa molemmat haitat ovat varsin vähäisiä. 5 hv:n 2-tahtimoottorien paino vaihtelee n. 15kg - 25kg välillä.
Nykyään raskaammat 4-tahtiset moottorit dominoivat polttomoottorimyyntiä, mutta niitä on saatavilla hyödyllisillä ominaisuuksilla kuten akkulaturilla varustettuina. 5hv 4-tahtimoottorin paino harvoin alittaa 20kg:ta.
Sähkömoottorit
Uusi perämoottoriluokka on sähkömoottorit joiden ongelmaksi on toistaiseksi katsottu toiminta-aika, teho ja heikot mahdollisuudet ladata akkuja saaristossa. Sähkömoottorin etuna on keveys, joskin vastaavasti nk. ajoakkujen paino tulee ottaa huomioon. Sähkömoottorit ovat kuitenkin päästöttömiä joten niiden yleistyminen saattaa olla ajan kysymys.
Suuntaa sähkömoottoreiden suorituskyvyistä antaa esimerkiksi Torpeedon kotisivut.
Ongelmia
Ensimmäisissä H-veneissä oli perälaatikossa nk. moottorikaivo, ts. perämoottori meri suoraan pohjan läpi veteen. Tämä kuitenkin osoittautui ongelmalliseksi ja siitä luovuttiin jonka jälkeen perämoottorit on asennettu veneen perään asennettuun telineeseen. Näin veneen painopiste on kuitenkin siirtynyt taaemmaksi moottorin ollessa pitkän vipuvarren päässä mikä ilmeneen veneen "keulimisena" keulan noustessa selvästi tarkoitettua ylemmäksi. Tämä vaikuttaa myös veneen purjehdusominaisuuksiin matkanteon tuntuessa laahaavalta.
Toinen H-veneen ongelma on moottorin hallinta, sillä veneen perästä alas laskettu moottori on hallintalaitteineen vaikeasti saavutettavissa ja niitä käyttäessä joutuu siirtämään katseen veneen kulkusuunnasta.
Kolmas välillisesti moottoreihin liittyvä ongelma on sen käyttö. H-vene on hyvin ketterä vene jonka suhteellisen pieni paino mahdollistaa hyvin veneen manööverit useimmissa säissä ilman moottoriakin. Moottorin käyttö tuo veneilyyn usein vain ylimääräistä vaivaa vaikkakin sen käyttö luonnonsatamissa ja oudoissa satamissa on toki suotavaa.
